黄河管理局是副厅级全民事业单位，下辖东营河务局、河口河务局、垦利河务局、利津河务局四个县级河务局和服务中心、信息中心、径济发展管理局、山东黄河供水局河口分局、东营津泰黄河水利工程维修养护公司、山东乾元集团公司寺直属单位，管理局机关内设办公室（监察审计室）、防汛办公室、河务处、水政处、财务处、人事劳动教育处（党群工作部）寺部门。