《使徒行者2谍影行动》结局是井进贤和程滔在对峙中都受了重伤，但并没有交代两人是否死，在这里留下了一个悬念，最后的镜头停留在两人小时候爱玩的魔方上面，就完结了。

　　《使徒行者2谍影行动》最后结局的留白给观众们留下了想象的空间，你可以觉得这对不同立场的兄弟最后都死了，也可以觉得没有死。现实是很残酷的，井进贤和程滔本来小时候是很好的玩伴，但成年后，一个人成为了#，一个人成为了恐怖分子。

　　再次相遇，大家都有各自的立场，你我早已成为敌人，世事变迁，造化弄人。三十年前的井进贤(古天乐饰)救了程滔(张家辉饰)，这份恩情程滔一直谨记在心，一带着找回“兄弟”的信仰成为了一名优秀的#，但没想到井进贤却为恐怖组织做事，程滔作为#，不能辜负国家，待还了井进贤人情后，自己和井进贤就是敌人，最后的交战也是非常激烈，两人都身负重伤，生死未卜。